宏基因组学第二代测序（metagenomicnext-generationsequencing，mNGS）可以非靶向地检测临床标本中的病原体核酸。在中枢神经系统（centralnervoussystem，CNS）感染性疾病的病原体诊断方面，脑脊液mNGS技术已逐步应用于临床。
但是，由于mNGS技术的检测流程较复杂，检测结果易受到多方面因素的影响。为推进脑脊液mNGS的合理应用，中华医学会神经病学分会感染性疾病与脑脊液细胞学学组撰写了首篇《中枢神经系统感染性疾病的脑脊液宏基因组学第二代测序应用专家共识》。
这是国内第一个针对脑脊液（无菌体液）宏基因组学二代测序应用专家共识，对辅助临床在CNS感染应用有重要意义。
一mNGS的应用概况年，国际上开始报告使用mNGS诊断神经感染病例。年以来，脑脊液mNGS在国内逐渐应用于神经系统感染性疾病的诊断。此后，国内外开展了一系列队列研究，报告脑脊液mNGS检出致病病原体的比例为15.7%~57.0%；在神经感染病例中，mNGS与传统病原学技术同时阳性的比例为22.5%~52.6%；此外，一项非前瞻性研究结果显示，脑脊液mNGS在脑炎与脑膜炎诊断中的敏感度为73%，特异度为99%；充分说明了脑脊液mNGS对CNS感染性疾病病原诊断的实用性。我国在使用mNGS诊断神经感染的技术进展上与世界同步。二临床适应证和送检时机适应证脑脊液mNGS主要适用于怀疑CNS感染性疾病患者的致病性病原体鉴定，包括病因未明的脑炎、脑膜炎(包括脑炎与脑膜炎叠加的脑膜脑炎)和脑脓肿等疾病的患者。
临床应用送检时机：首次
送检
建议
未能明确病因的社区获得性急性脑炎和脑膜炎，重症患者，高度怀疑新发病原体、罕见病原体感染
对于病因不明的慢性CNS感染性疾病患者对于原发性免疫缺陷、粒细胞缺乏、艾滋病、服用免疫抑制剂等免疫功能缺陷的患者及时
送检
建议
非重症患者一般可以先开展脑脊液传统微生物检查，仍不能明确病因的
医院获得性脑炎和脑膜炎，在经过传统微生物检查在内的系统性检查且接受经验性治疗无显著好转的
标本一般送检病原微生物DNA检测；若临床高度怀疑RNA病*感染，则需要加送病原微生物RNA检测推荐意见对于病因不明、经验治疗效果不佳、重症、免疫缺陷（抑制）的脑炎、脑膜炎和脑脓肿患者，建议送检脑脊液mNGS。三标本的管理、报告1.标本管理推荐意见用于脑脊液mNGS的脑脊液标本需要无菌获取，冷链运输，避免污染。2.检测与报告mNGS检测流程：mNGS病原检测报告需要符合《医疗机构临床实验室管理办法(卫医发〔〕73号)》和《医学检验实验室基本标准和管理规范(试行)国卫医发〔〕37号》对检测报告的要求，列出患者信息、标本信息、检测方法、检测范围、结果、检测机构与报告人信息等内容。
报告应该列出微生物的特异性序列数，在此基础上建议列出基因组覆盖度、相对丰度等指标。
报告的微生物应该是符合阳性判断标准(即高于报告阈值)的微生物。
四报告的临床解读临床需要综合流行病学史、临床表现、影像学、脑脊液学与血清学等检查结果，对脑脊液mNGS检测报告进行解读，尽量充分利用传统的微生物鉴定方法验证mNGS结果。阳性结果解读需要